Первое постоянное поселение возникло как село Новотроицкое в районе золотых промыслов Кабинета Его Императорского Величества. Добыча золота из россыпей в районе современного Балея началась в 1858 году на Казаковском и в 1892 на Ново-Троицком промыслах Кабинета. Добыча россыпей велась в основном открытым способом и не прекращалась до 1917 года. К 1917 году добыто 2400 пудов золота. В 1917 промыслы национализированы и разграблены. При правлении атамана Семёнова с 1919—1920 добыча восстановлена и добыто 40 пудов. В годы гражданской войны добыча почти велась кустарным способом и добытое золото вывозилось в Китай в обмен на товары и спирт. До 1929 года добывалось россыпное золото (драги).

В окрестностях села Новоторицкое в 1929 году открыто коренное месторождение золота. В том же году организован промысел «Балейзолото». Это обусловило рост и золотодобывающую специализацию села, которое вскоре получило название Новотроицкий Промысел. Балейское месторождение отрабатывалось комбинированным подземным и открытым способом. Первая золото извлекательная фабрика (ЗИФ) вошла в строй в 1935. В этом же году построен санаторий «Ургучан» (26 км от Балея). В 1938 село Новотроицкий Промысел преобразовано в город Балей. В середине тридцатых годов комбинат занял одно из ведущих мест по добычи золота в стране, но шла она неравномерно. Подъёмы, когда открывались новые богатые жилы, чередовались с падением, когда их вырабатывали. Эти взлёты и падения сопровождались приливами и отливами золотодобытчиков. На территории месторождения существовал исправительно-трудовой лагерь, но основная рабочая сила была вольнонаемная. В период войны на шахтах работали женщины и заключённые. К концу войны население Балея поразила эпидемия силикоза (тяжелое легочное заболевание вызываемое тончайшей кварцевой пылью).

Балейское месторождение почти полностью отработано к концу Великой отечественной войны. В 1947 близ Балея было открыто Тасеевское золоторудное месторождение. Компактное залегание рудных тел и высокие содержания золота 200—300 г/т быстро выдвинуло комбинат «Балейзолото» на одно из первых мест в системе Минцветмета СССР. Чтобы освоить огромные объемы работ требовались рабочие руки, которых после войны просто не было. Вопрос решили добавив к «свободным рабочим рукам» лагерь заключенных, который поставили прямо на месторождении (Балейский ИТЛ). В первые годы лагерь пополнялся в основном из числа бывших военнослужащих, участвовавших в войне с Японией. Из заключенных с высшим образованием был создан конструкторский отдел, своего рода Тасеевская «шарашка». Для работы на месторождении были привлечены и ссыльные. Обособленной группой держались ссыльные немцы Поволжья, переселенные в Балей в конце войны из Красноярского края. БАЛЕЙСКИЙ ИТЛ (Балейлаг, Балейский ИТЛ и Тасеевское строительство)существовал с 07.06.1947 по 29.04.1953. Численность лагеря по годам: 01.08.47 — 2285, 01.01.48 — 4142, 01.01.49 — 4000 (УРО), 10.04.52 — 2556 (в том числе 295 женщин, 106 осужденных за к/р преступления), 15.04.53 — 2679. Осужденные обслуживали потребности комбината «Дарасунзолото» (до 10.03.48) и «Балейзолото» Главспеццветмета МВД, Тасеевского строительства (с 23.05.51), шахтные, подсобные с/х работы, лесозаготовки и сплав, проектные работы в филиале ин-та «Гипрозолото» с 01.07.52, строительство опытной золотоизвлекательной фабрики.

Разработка Тасеевского месторождения (ГОК «Балейзолото») прекращена в 1997. В 1998 году задолженность ОАО ГОК «Балейзолото» перед федеральным бюджетом 40 млн руб.

Вслед за упадком горной промышленности в позднесоветском периоде, были предприняты две попытки реанимировать добычу золота в Балее, но обе они провалились. После двух неудавшихся попыток возобновить добычу, многие местные жители выражают понятный скептицизм по поводу возможности её возобновления и, соответственно, не питают радужных надежд в отношении будущего. В сентябре 2004 года Highland Gold приобрела месторождение Тасеевское по цене 26 млн долл. США. Осваиваеться месторождение совместно с корпорацией Barrick Gold (Канада). В целях эффективного управления разработкой была создана компания ООО «Тасеевское», офис которой находится непосредственно в Балее, и которая владеет лицензией на отработку Тасеевского месторождения. В настоящее время ООО «Тасеевское» ведет работы по переоценке потенциала Тасеевского золоторудного месторождения с целью возможного возобновления его разработки (по состоянию на 2006 год численность работников ООО «Тасеевское» составляет 130 чел.). Решение о начале работ должно быть принято к концу 2007 года. Параллельно с доразведкой месторождения, в 2006 году, ООО «Тасеевское» разработало и запустило комплексную социально-экономическую программу развития Балея и Балейского района.